في أول صريح له حول استقالته المفاجأة قال الدكتور محمد البرادعي ما يلي :
يظن الناس فى مصر أنى بإستقالتى الأخيرة هو هروب ولكن مالا يعرفه المصريين أنى اكتشفت بعد فوات الأوان أن نظام مبارك مازال يحكم مصر و للأسف مرسى كان معه حق إنها دولة عميقة فقد تأمروا عليه و افتعلوا له الأزمات الكهرباء و غيرها و الإخوان لم يساعدوا مرسى بل بغباء شديد ساعدوا نظام مبارك فى إنجاح مخططهم الذى يحدث الأن فلم يدلوه على إتخاذ قرارات مناسبة فى الوقت المناسب فمثلا تطهير القضاء كان يجب أن يكون أول قرار لمرسى لأن العدل أساس الملك و كان يجب تشكيل محكمة ثورية إستثنائية تحاكم نظام مبارك وليس كما فعل بأن يكون القرار الأخير و القرار الثانى الذى كان يجب إتخاذه التعامل مع الشعب بشفافية وتعرية نظام مبارك فى جميع المصالح العامة و ليس محاولة إستبدالها بأهل الثقة من الإخوان و الموالاة و للأسف ماحدث فى مصر مؤخرآ ممكن إختصاره بأن نظام مبارك ( الدولة العميقة فى الجيش و الداخلية والقضاء و الصحافة و الإعلام والإقتصاد وأمريكا و إسرائيل و بعض الدول العربية كلى شىء ) توقعوا نجاح مرسى والإخوان فى انتخابات الرئاسة فاتفقوا على أن يسمح لهم بتولى الحكم و لكنهم خططوا لإسقاطه بإفتعال الأزمات وتدبير المؤامرات ضدهم فيوم ثلاثون يونية كان مدبرآ و مخطط له و تمرد تعلم هذا جيدآ فقد علمت بعد فوات الأوان إجتماعاتهم السرية فى مدينة نصر و الأموال التى حصلوا عليها وتزويرهم توقيعات الجمعية الوطنية للتغير و نسبها لهم و لا ننسى أن هناك مواطنين انضموا ليوم ثلاثين يونيه بسبب الأزمات المفتعلة التى كانت تحدث أيام مرسى وكان من الممكن للإخوان إفشال هذا المخطط بقرارات مناسبة لم يتخذوها في حينها ٌ ووضح مخطط الدولة العميقة عندما أعلن الرئيس المصرى محمد مرسى الذى إنتخبه الشعب حالة الطوارىء لم ينفذ وزير الداخلية أو وزير الدفاع قراره و اليوم وزير الدفاع فى مصر يعلن حالة الطوارىء و يستخدم الذخيرة الحية فتنفذ الداخلية و الجيش أوامره و الأموال التى جاءت لمصر الآن من بعض الدول العربية هى أموال مصر التى سرقها مبارك و ليس اموال هذة الدول ومن الأخطاءالتى أرتكبها الإخوان هى مهاجمة و سب خصومهم السياسيين والدول العربية حتى أنا لم أسلم من سبابهم وللأسف الشعب المصرى تم خداعة و تم إستغلال الإخوان أداة فى نجاح المخططٍ و نسى الجميع شهداء ثورة يناير و قتلة الثوار و مذبحة ماسبيرو وظلم الداخلية و أمن الدولة و حتى ظلم و جبروت مبارك ٍو هاهم قتلة ثوار يناير يحصلوا على أحكام براءة و طبقآ لمخطط الدولة العميقة بعد التخلص من جماعة الإخوان و تلفيق تهم لمحمد البرادعى سوف يحلون حزب النور والبناء والتنمية و كل الأحزاب الدينية و إلغاء النقاب فى مصر و كله بقانون